孫中山先生在北平主張召開國民會議，以解決國事，并擬設(shè)”中央學(xué)術(shù)院“為全國最高學(xué)術(shù)研究機(jī)關(guān)，以立革命之基礎(chǔ)。
國民政府中央政治會議議決，設(shè)立中央研究院籌備處，并推選蔡元培、李煜瀛、張人杰等為籌備委員，先行籌設(shè)理化實(shí)業(yè)研究所、社會科學(xué)研究所、地質(zhì)研究所及觀象臺 4 個研究機(jī)構(gòu)。
國立中央研究院理化實(shí)業(yè)研究所（含物理、化學(xué)、工程三組）成立，所址位于上海市霞飛路 899 號。7 月，三組分立，各為研究所，化學(xué)組改名為國立中央研究院化學(xué)研究所。
莊長恭出任化學(xué)研究所所長。
中央人民政府政務(wù)院第33次政務(wù)會議批準(zhǔn)包括有機(jī)所在內(nèi)的中國科學(xué)院首批15個研究所（館）負(fù)責(zé)人名單，5月20日正式任命莊長恭為有機(jī)所所長。中國科學(xué)院有機(jī)化學(xué)研究所由國立中央研究院化學(xué)研究所有機(jī)化學(xué)部門擴(kuò)建而成，在上海岳陽路320號、長寧路865號開展工作，所屬的藥物研究室由北平研究院藥物所和中央研究院藥學(xué)所籌備處合并組建，在武康路395號工作。
王葆仁從浙江大學(xué)調(diào)至有機(jī)所，任副所長。
汪猷及其領(lǐng)導(dǎo)的有機(jī)化學(xué)組從中國科學(xué)院生理生化研究所調(diào)至有機(jī)所。1953 年 1 月，汪猷任副所長。
有機(jī)所召開全所大會，討論決定抗生素和高聚化合物為今后有機(jī)所兩大主要研究方向。
所屬的藥物化學(xué)研究室進(jìn)行擴(kuò)充，建立中國科學(xué)院藥物研究所。
有機(jī)所黨支部成立，湯壽樑任黨支部書記。
高分子化學(xué)組和物理化學(xué)組遷往北京參組中國科學(xué)院化學(xué)研究所，共計(jì)遷京人員66人（連家屬160余人），儀器藥品1214箱，圖書200多箱，家具4節(jié)火車廂。
黃鳴龍領(lǐng)導(dǎo)的工作組從中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院調(diào)入有機(jī)所。
有機(jī)所召開首屆學(xué)術(shù)委員會成立暨工作討論會。委員共有 8 人，分別是：朱子清、汪猷、邢其毅、吳征鎧、高濟(jì)宇、莊長恭、黃鳴龍、黃耀曾。
黨支部書記、副所長邊伯明和中科院上海辦事處副主任王仲良組織有機(jī)所20余名高級研究人員和科研骨干進(jìn)行有機(jī)所業(yè)務(wù)方向大討論（即有機(jī)所歷史上著名的“三天三夜大討論”）。會議決定有機(jī)所的研究要面向國家需求“主要搞尖端、領(lǐng)先的科學(xué)項(xiàng)目，通過任務(wù)帶動學(xué)科”。7月14日，召開所務(wù)會議，決定重新建立4個研究室：生物資源研究室、抗放射化學(xué)研究室、元素有機(jī)研究室、分析化學(xué)研究室。
為充實(shí)有機(jī)所科研生產(chǎn)力量，上海市委將醫(yī)藥工業(yè)公司所屬葡萄糖二廠劃給有機(jī)所，經(jīng)改造成為有機(jī)所實(shí)驗(yàn)廠，主要承擔(dān)實(shí)驗(yàn)室國防項(xiàng)目研究成果擴(kuò)試任務(wù)。
有機(jī)所由長寧路865號搬遷至零陵路345號。
黃鳴龍帶領(lǐng)科研人員以國產(chǎn)薯蕷皂素為原料合成的“可的松”擴(kuò)試成功，協(xié)助工業(yè)部門很快投入了生產(chǎn)。將國外合成路線14步簡化為7步，總得率從3%提升到8%。不但填補(bǔ)了我國甾體工業(yè)的空白，而且使我國相關(guān)合成方法跨進(jìn)了世界先進(jìn)行列。
接中科院黨組交下的突擊任務(wù)，有機(jī)所正式參與人工合成牛胰島素的研究工作。我所由汪猷負(fù)責(zé)，前后共組織140余人奮戰(zhàn)。
蘇聯(lián)撤走在華技術(shù)專家，并帶走了重要圖紙資料，停止供應(yīng)原子能研究所需要的設(shè)備和材料。鈾同位素擴(kuò)散分離機(jī)上使用的特種氟油將消耗殆盡。研制生產(chǎn)這種氟油是當(dāng)時制造原子彈最亟待解決的“三大技術(shù)難關(guān)”之一。
作為當(dāng)時中科院化學(xué)“四大家族”（上海有機(jī)所、長春應(yīng)化所、大連化物所、北京化學(xué)所）之一的有機(jī)所臨危受命，研制和生產(chǎn)特種氟油（定名為“F-111”任務(wù)）。經(jīng)過不懈努力，按時保質(zhì)保量完成任務(wù)，滿足國家的急需，為1964年10月16日中國成功地爆炸第一顆原子彈做出重要貢獻(xiàn)。錢三強(qiáng)曾贊譽(yù)這項(xiàng)工作“讓我國原子彈比原計(jì)劃提前一年爆炸”。
中共中科院上海分院委員會決定成立中共中科院有機(jī)所委員會。邊伯明任黨委書記。
中國科學(xué)院化學(xué)研究所蔣錫夔領(lǐng)導(dǎo)的氟橡膠課題組調(diào)入有機(jī)所。
有機(jī)所與中國科學(xué)院生物化學(xué)研究所、北京大學(xué)研究人員協(xié)作，在世界上第一次用人工方法合成與天然胰島素分子相同化學(xué)結(jié)構(gòu)并具有完整生物活性的蛋白質(zhì)。為人類認(rèn)識生命、揭開生命奧秘邁出了一大步，使得中國在人工合成生物大分子這一基礎(chǔ)科學(xué)領(lǐng)域躍居世界先進(jìn)行列。
有機(jī)所經(jīng)體制調(diào)整歸口中國科學(xué)院，實(shí)行以地方為主的雙重領(lǐng)導(dǎo)，更名為中國科學(xué)院上海有機(jī)化學(xué)研究所。
中科院化學(xué)部對上海有機(jī)所進(jìn)行學(xué)術(shù)評議，汪猷提出以天然有機(jī)產(chǎn)物、金屬與元素有機(jī)化合物為主要研究對象，從研究有機(jī)合成化學(xué)和物理有機(jī)化學(xué)著手的“二經(jīng)二緯”發(fā)展戰(zhàn)略。
生命有機(jī)化學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室通過專家組的論證。1989 年由國家計(jì)委批準(zhǔn)并投資建設(shè)，1991 年通過專家委員會驗(yàn)收，1992 年正式開放運(yùn)行。
中科院金屬有機(jī)化學(xué)開放實(shí)驗(yàn)室通過專家組的論證，1989年4月獲批成立。作為院開放實(shí)驗(yàn)室，1991年參加了國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室評估，被評為全國化學(xué)類實(shí)驗(yàn)室第二名，在1995、1999年連續(xù)兩次在國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室評估中獲評“優(yōu)秀”。在此基礎(chǔ)上，2000年金屬有機(jī)化學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室獲批籌建，2001年4月通過驗(yàn)收正式成為國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。
